Alfred Hauge blir husket både som forfatter og som en profilert, kristen kulturpersonlighet. Han begynte sin forfatterbane med tradisjonelle oppbyggelige romaner, men endret etter hvert sitt litterære uttrykk, og hans samlede forfatterskap er et av de mest eksperimentelle og nyskapende i etterkrigstiden.
Hauge vokste opp på Sjernarøy i Ryfylke og hentet hele livet motiver herfra. Han tok realskolen på Bryne og examen artium på Voss 1935, før han reiste til Oslo og teologistudiet. Det brøt han av og tok i stedet lærereksamen 1939. Han arbeidet som lærer på Karmøy og i Stavern til 1945, deretter i Ansgar Forlag til 1951, da han ble journalist i Vårt Land. 1952–53 var han rektor ved Ryfylke Folkehøgskule på Sand, og de neste 30 årene, 1953–83, var han ved siden av forfattergjerningen journalist i Stavanger Aftenblad.
Hauge debuterte med den historiske romanen Septemberfrost 1941, deretter kom Tuntreet blør og Storm over Siglarholmen. Alle disse er tradisjonelle fortellinger innenfor den kristne, oppbyggelige tradisjonen. Med Ropet tok Hauge 1946 opp problemene med kultursynet i den pietistiske kristendommen han selv tilhørte, og skapte debatt. Kvinner på Galgebakken (1948) innevarslet en mer avansert fortellerteknikk med flere stemmer.
I Året har ingen vår utgitt samme år fant han sitt hovedtema – det lidende mennesket. Han følger hovedpersonen Mallin inn i sammenbruddet med stor innlevelse og psykologisk dybde, samtidig som realismen blir krassere. Deler av stoffet er hentet fra Hauges egen slekt. Med Vegen til det døde paradiset fra 1951 brøt Hauge helt ut av den realistiske formen og skapte en moderne legende. Samtidig gikk han over fra Ansgar til Gyldendal.
1952–53 opplevde Hauge et psykisk sammenbrudd. Dette farget litteraturen hans og stimulerte ham på lengre sikt til å ta i bruk mer av sine visjonære evner. Ingen kjenner dagen (1955) avsluttet trilogien om Mallin og hennes slekt; her finnes samtidig elementer fra sammenbruddet.
I begynnelsen av 1960-årene kom trilogien om Cleng Peerson og utvandringen til Amerika: Hundevakt, Landkjenning og Ankerfeste, som gav Hauge et større publikum. Det historiske stoffet gav ham også anledning til å kombinere det fritt fabulerende med det faktiske, en balanse han alltid kjempet med.
Det visjonære krevde etter hvert større plass i Hauges litteratur, og i Mysterium fra 1967 handler det nesten bare om syner og drømmer; romanen er en vandring i menneskets indre liv, samtidig som den på en ny måte setter lidelsesproblematikken i fokus. Fra og med denne boken var Hauges bøker knyttet sammen i Utstein Kloster-syklusen med det gamle klosteret som et geografisk og idémessig senter. Legendeboken fra 1951 (Vegen til det døde paradiset) gjenoppstod 1968 som Legenden om Svein og Maria. Det visjonære stoffet kom også til utfoldelse i diktsamlingen Det evige sekund fra 1979.
Fra 1974 kom romantrilogien Århundre, innenfor rammen av Utstein Kloster-syklusen. I Perlemorstrand smelter religiøse og dybdepsykologiske temaer sammen med barndomslandskapet i Ryfylke. Samtidig blir fortelleren enda mer synlig, og det pågår en konstant samtale med leseren. De to neste romanene var Leviathan og Serafen. I den første blir lidelse og medlidelse knyttet til fabeldyret Leviathan og behandlet på tre ulike tidsplan. I den siste – Hauges siste skjønnlitterære bok – utspiller spenningen mellom godt og vondt seg på en serie tidsnivåer, fra Svartedauden til en fremtidsvisjon av år 2000. Samtidig samler denne boken opp i seg det meste av de litterære formene Hauge har brukt før.
Hauge skrev også tre selvbiografiske skildringer, Barndom, Ungdom og Manndom, som i tillegg til å være lysende skildringer av barndommen, indirekte gjør rede for hvordan Hauge har brukt selvbiografisk stoff i sitt skjønnlitterære forfatterskap. Han skrev også biografier om Hans Nielsen Hauge og om Gordon Johnson, flere barnebøker, skuespill, dikt og kulturhistoriske bøker. Hans epistler i Stavanger Aftenblad, essays og andre tekster er dessuten utgitt i bokform.
Hauge ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden 1976 og til æresdoktor ved Luther College, Iowa 1982. Han fikk Kritikerprisen 1965 for trilogien om Cleng Peerson, og 1984 fikk han Nynorsk Litteraturpris.