Baltzer Fleischer var amtmann i Smålenene i nesten 25 år, og gjorde en viktig innsats for nyrydding av jord.
Fleischers farsslekt var opprinnelig fra Østpreussen, men hadde hatt tilknytning til Norge siden tidlig på 1600-tallet. Selv vokste han opp i Danmark, dit farfaren hadde flyttet som offiser. Som ung mann begynte han på en militær karriere og tjenestegjorde bl.a. en tid i Norge, men forlot det militære og gikk over i embetsstanden. 1734 kom han til Norge for godt da han fikk stillingen som viseborgermester, rådmann og notarius publicus i Christiania. Fra 1743 til sin død var han amtmann i Smålenene (nå Østfold), med bolig i Moss.
Fleischer forfattet 1745 en omfattende beskrivelse av Smålenenes amt, som svar på de spørsmål av historisk, kulturell, geografisk og økonomisk art som Danske kanselli hadde sendt ut to år tidligere. Beskrivelsen var et resultat av observasjoner han hadde gjort gjennom sine embetsreiser i amtet. Arbeidet med denne beskrivelsen og de erfaringer han hadde gjort under de katastrofale nødsårene tidlig i 1740-årene la formodentlig grunnlaget for de initiativ han senere ble mest kjent for, nemlig reformer på jordbrukets og kornforsyningens område.
1749 ble Fleischer kontaktet av stiftamtmannen i Akershus, Frederik Otto von Rappe, i forbindelse med planer om å reformere husmannslovgivningen. Bakgrunnen var et ønske om å sikre stabil tilgang på arbeidskraft og å hindre en økning av fattigdomsproblemene, og von Rappe håpet åpenbart på støtte fra Fleischer, som han utvilsomt har kjent fra hans tid i Christiania. Fleischer besværet seg imidlertid over resultatet av reformønskene, nemlig husmannsforordningen av 1750, og mente at den bare forverret den situasjon som skulle avhjelpes.
Derimot stilte han seg noen år senere i spissen for et par andre tiltak, nemlig nyrydding av plasser og opprettelse av lokale kornmagasiner. 1760 fremmet han et omfattende forslag om at det skulle opprettes kornmagasiner ved alle sognekirker. Magasinene, som var tenkt lagt under særskilt tilsyn av prestene, skulle sikre korntilgangen i nødstider. Kornet skulle dels bestå av kongens andel av korntienden og dels rekvireres fra bøndene selv. Forslaget medførte en omfattende høring blant amtmenn og stiftamtmenn over hele Norge, men ble ikke tatt til følge. Særlig la Rentekammeret vekt på at det ikke var gjennomførbart, og at det kunne tynge både bønder og embetsmenn på en uønsket måte. Under et opphold i København 1762 inngav Fleischer et revidert forslag basert på en slags prøvedrift i ett prestegjeld, Hobøl, som han selv skulle holde oppsyn med. Heller ikke dette ble tatt til følge.
Annerledes gikk det med Fleischers tilbud om å administrere en storstilt nyrydding av plasser i Smålenene. Dette tiltaket ble satt i gang 1759, og året etter fikk han godkjent en plan for å rydde i alt 500 nye bruk. Kongen stilte 1000 riksdaler til disposisjon for virksomheten, og Fleischer delte ut premier og medaljer til de bøndene som ville delta. Prosjektet ble gjennomført særlig i amtets vestre og nordlige fogderier, men på grunn av bl.a. tung militær utskriving nådde man ikke de mål som var satt. En økende kritikk fra bøndenes side mot fremgangsmåten og mistanker om at Fleischer personlig beriket seg av de midler som var i omløp, gjorde at rydningsprosjektet ble stanset 1764 etter ordre fra Rentekammeret. Det ble reist kommisjonssak mot Fleischer, men før sin død gjorde han opp alle økonomiske mellomværender.
Fleischer var på mange måter en aktiv og innsiktsfull embetsmann, og hans prosjekter i amtet stod i nær forbindelse med den fysiokratiske tankegang som på midten av 1700-tallet var i ferd med å slå igjennom i økonomisk og politisk tenkning: Statens velferd var avhengig av et godt fungerende jordbruk, pliktoppfyllende bønder og en jevn tilgang på arbeidskraft. I så måte foregrep Fleischers initiativ dominerende strategier i siste del av 1700-tallet, ikke minst ved at han baserte dem på de erfaringer han gjorde i sitt eget embetsdistrikt. Derimot kom hans konkrete forslag i klemme mellom ulike politiske helhetshensyn og ren makt- og prestisjekamp.
Baltzer Fleischer ble utnevnt til justisråd 1749 og til etatsråd 1760. Om hans privatliv og embetsførsel for øvrig er lite kjent, da amtmannsarkivet fra hans tid i Smålenene ikke lenger eksisterer.