Johan Lindeqvist var svensk av fødsel, men vart norsk statsagronom, og i denne stillinga fekk han nytta sine konstruktive og administrative evner til å reise opp avlsarbeidet med telemarksfeet og dølahesten. Likevel fekk han mykje motbør frå nokre fagfolk og byråkratar, og det var ein vonbroten mann som reiste attende til Sverige og vart gardbrukar.
Lindeqvist voks opp i små kår, men ved hjelp av privatlærar vart han i stand til å bli elev ved Skara Veterinärinnrättning 1840 og tok eksamen med beste karakter i alle fag 1845. Men alt frå 1844 var han i arbeid som lærar i veterinærvitskap ved Degeberg Lantbruksinstitut, ei stilling han hadde til 1852. Medan han var lærar der, las han og jordbruksfag på same instituttet og tok agronomeksamen 1847.
Lindeqvist søkte også norske stillingar og blei kalla til å vere reisande agronom i Bratsberg amt i vel to månader somrane 1851–53. Det siste året skipa han til eit stort landbruksmøte med husdyrutstilling på Brekke ved Skien, og det var slike initiativ som førte til at han fekk ein av dei tre første statsagronomstillingane som Stortinget oppretta 1854.
To år seinare fekk han i oppdrag frå Indredepartementet å utarbeide ein plan der han m.a. drøfta om norsk fe skulle blandast opp med kulturrasar frå utlandet. 1856 fekk han organisert den første rasefeutstillinga med telemarkfe i Kviteseid. Den første statsutstillinga for storfe (telemarkfe) blei halden i Seljord 1866. Utstillinga blir framleis halden i september kvart år under namnet “Dyrsku'n i Seljord”.
Under avlsarbeidet med austlandshesten hadde Lindeqvist som mål å få ein god hest for jordbruket, skogsdrifta og skyssvesenet, men ikkje for kavaleriet.
Lindeqvist var ein produktiv forfattar, både av lærebøker og faglege rapportar. I sine skrifter gjekk han til åtak på teigblanding og dei vilkåra husmennene levde under. Mange av tiltaka hans kravde store offentlege midlar, og særleg etter mange misvekstår i 1860-åra blei han offer for lettkjøpt kritikk. Han blei også urettmessig kritisert for innkjøp av dårlege avlsdyr på statens kostnad. I dei fleste fagmiljø hadde han eit godt ry, og han fekk overrekt ei kostbar sylvkanne under utstillinga i Seljord 1866. Vidare fekk han gullmedaljen til Det kgl. Selskap for Norges Vel 1865 og blei utnemnd til riddar av den svenske Vasaorden 1867.
Lindeqvist tykte likevel ikkje han fekk nok støtte frå Indredepartementet og tok seg sterkt nær av den kritikken han fekk frå Stortinget om at tiltaka blei for dyre. Helsa hans svikta også på denne tida, og han sa opp stillinga si 1871. Han var stolt over arbeidet han hadde gjort i Noreg, men var bitter og nedbroten då han straks etter kjøpte garden Fiskevik ved Arvika. Der drog han seg attende, utan å ha stifta familie, vonbroten over dei store i samfunnet, men med eit fortruleg forhold til vanlege menneske. Under rugskuren 30. juli 1898 skjenka han karane sine ein god dram. Sjølv seig han saman og døydde neste morgon.
1966 vart eit portrettrelieff av Johan Lindeqvist avduka ved Norges Landbrukshøgskole på Ås.