Ludvig Paus var prest i Øst-Finnmark i mer enn 30 år og gjorde en aktiv innsats for misjonen blant samene.
Paus vokste opp dels i Bergen (eller Indre Sogn) og dels i Vadsø. 1695 ble han dimittert fra Bergens skole til universitetet i København. Vi vet ikke når han fullførte sine studier og heller ikke hva han levde av de nærmeste årene, men han bodde antakelig en tid i Bergen eller Sogn. April 1707 søkte han om å få bli farens etterfølger som sogneprest til Vadsø og Vardø, og dette ble godkjent 12. august s.å. Året etter giftet han seg, og de nygifte reiste til Øst-Finnmark, der de ble boende i 32 år. Samme år ble Paus' yngre søster Anna gift med Povel Resen, som på myndighetenes oppdrag hadde foretatt en finnmarksreise 1706–07.
En av hensiktene med Resens reise var å undersøke mulighetene for å starte misjonsarbeid blant samene. Paus selv er i ettertid blitt kjent for sin aktive medvirkning i dette arbeidet. Da han kom til Vadsø, overtok han det nære samarbeidet hans far hadde etablert med læreren Isaac Olsen, som fra 1703 var tilsatt som omreisende lærer for samene i Varanger. Selv behersket Paus neppe samisk i særlig grad, men benyttet seg av Isaac Olsens språkkunnskaper og omfattende erfaringer fra samisk miljø. Forholdet mellom Paus og Olsen var åpenbart meget godt. Olsen fungerte som Paus' informant når det gjaldt samenes tradisjonelle religionsutøvelse, og Paus brukte disse kunnskapene til å fremme tiltak for kirkens arbeid overfor samene. 1711 utarbeidet han, i samråd med amtmann Lorch, en instruks for såkalte helligdagsvektere, som skulle se til at kirkelige og sosiale lover ble etterlevd.
Etter at Isaac Olsen forlot Finnmark 1716, fortsatte Paus det nære samarbeidet med de prestevidde misjonærene Thomas von Westen sendte til Øst-Finnmark. Det var derfor naturlig at det ble Paus som innviet samemisjonens første kirkebygg på Angsnes i Varanger 11. november 1719. Paus foretok også reiser til fjells og besøkte bl.a. den svenske kirken i Utsjok for å markere norsk geistlig ansvar for fjellsamene. På slike reiser oppsøkte han også gamle samiske offersteder og gjorde dem ubrukelige. Gjennom sitt arbeid bidrog han til å befeste Vadsø som misjonssenter i Øst-Finnmark for den organiserte samemisjonen.
Paus, som ble prost i Øst-Finnmark 1709, forestod flyttingen av Vadsø kirke fra Vadsøya til fastlandet (Skattøra) 1710. Den nye kirken ble innviet av biskop Peder Krog. 1720 ordinerte Paus sin svoger Johan Fredrik Harbist, som samme år var blitt kalt til kapellan i annekssognet Vardø; dette var en handling som det normalt tillå biskopen å utføre.
Ludvig Paus fikk en særdeles lang tjeneste i Finnmark. 1740 ble han utnevnt til sogneprest i Eidsberg i Smålenene og tiltrådte i mai året etter. Forholdene i Eidsberg ble imidlertid svært vanskelige. Han kom til en “ruineret Præstegaard”, og menighetens livskår var preget av dyrtid og hungersnød. Da Paus' hustru døde 1744, søkte han om avskjed og reiste til København, der han ble boende hos sin sønn, Hans Paus, til han døde året etter. Hans Paus ble senere utnevnt til sorenskriver i Øst-Finnmark (1754–70).