Blant trøndermalerne hadde kontrafeier Petter Andersen Lillie langt større produksjon av malt kirkekunst og portretter enn andre samtidige. Virksomheten er kjent fra 1671 og 40 år fremover i tid og spenner over et vidt geografisk område med reiser ned Østerdalen til Elverum, vestover til Møre og Romsdal og nordover til Kvænangen i Troms.
Malerkunsten i Trøndelag er karakteristisk og ensartet i stilpreget i dette tidsrommet. Maleriet er impresjonistisk og anskuelig, og Petter Lillie ble etter hvert en fremtredende utøver innen barokk trønderstil. Noen arbeider som har vært tillagt Lillie, kan være utført av en annen mester eller være verkstedarbeid. Kontrafeier Barach Boghart er den som Lillie lettest kan forveksles med. Barachs far, Seth Boghart, kom fra Holland og angav retningen som barokkmaleriet i Trøndelag tok.
Petter kontrafeier arbeider som selvstendig håndverker når vi først møter ham i kildene. Han kan ha kommet fra Sverige til Røros i rekken av arbeidssøkere ved Røros kobberverk. På Røros kvitterte han 6. februar 1673 for å ha mottatt 300 riksdaler samt kost hos bergmester Henning Irgens i ett år og tre måneder “for Røraas Kierchis Staffering samt adschellige Historrier udi Contrafei”.
1678 var Lillie i Nord-Østerdalen og malte i Vingelen og Øvre Rendal kirker. Bevart i Vingelen er prekestol, en tavle med Jesu dåp og en korsfestelsestavle som har bokstavene PASL flettet i hverandre i rammedelen. En nabogård til kirken fikk dekorert en 1600-tallsstue med motiv som er typisk for Alfta sogn i Helsingland i Sverige fra 1640-årene. Helsingland utviklet et blomstrende interiørmaleri, og det er mulig at Lillie malte stuen samtidig med kirkeoppdraget, og at han har hatt opplæring i Sverige.
I denne tidlige perioden er stilpreget i Lillies kirkekunst forskjellig fra typisk trønderbarokk. Fargene er ganske lyse uten sterke kontrastvirkninger, i motsetning til i trøndermaleriet. Forlegg brukt for Korsfestelsen i Vingelen gjenkjennes i bilder av Lillie i Trøndelag, med ulikheter i detaljeringen. Men da Lillie kom tilbake i fjellbygdene omkring Røros på begynnelsen av 1700-tallet, var fargeholdningen endret til en mer mettet skala med store kontraster mellom farger og lys og skygge. Gull og sølv brukes som glanslys, og kontureringen er mørk.
Lillie hadde et stort motivregister, og han varierte temaene virtuost. Største temagruppe er fra pasjonshistorien, og det finnes en rekke varianter av Nattverden. Den største sammenhengende billedfrise vi kjenner, er på galleribrystningen i Vuku kirke (1699) med forlegg fra Hendrich Goltzius' pasjonsserie fra 1596–99. Et sjeldent motiv i norsk kirkekunst er senmiddelaldermotivet av Kristus som smertensmann. Ett ble malt av Lillie for Melhus kirke like før 1706, og en replikk finnes i Nes kirke i Trøndelag. Fremstillingen er uttrykksfull.
Flere kunstområder manglet lenge i Norge etter reformasjonen, men dyrking av individet utfoldet seg i portrettkunsten, der Lillie var meget produktiv. Oppgavene hadde i hovedsak kirkelig tilknytning i form av epitafier og portretter av geistlige og deres ektefeller. Tidens kunstnere tilhørte håndverkerklassen; deres sedvanlige arbeidsmetode var kopiering av kobberstikk, tresnitt og kunstverk. En del av Lillies portretter kan være malt i verkstedet med bruk av noen få standardiserte figurutgaver, mens bare hodet er malt etter den som skulle avbildes. Like attributter og malermåter kjennetegner portrettgruppen. Det eldste bildet tillagt Lillie er et portrett av sogneprest Henrik Lyster (1671) i Lade kirke i Trondheim. Et høydepunkt er Maren Opdals epitafium i Elverum kirke. En dekorativ gul ranke på sort, rød og grønn bunn går igjen på flere rammeverk.
Lillie tok borgerskap i Trondheim 1686, og han var bosatt der med sin familie. To av hans brødre var også håndverkere/kunstnere i byen – Gustav var kontrafeier og Markus billedhugger.
Kirkeregnskapene viser at Petter Andersen Lillie fikk mange oppdrag med vedlikeholdsmaling og forgylling, noe som var økonomisk viktig. Han eide tre gårder i Trondheim og var en respektert borger som bl.a. ble utnevnt til lagrettemann. Økonomien ble forringet i hans senere leveår; han stod med skatterestanser og ble stevnet for gjeld. Under en privat krangel 1711 ble han angrepet og bitt i høyre hånd, en finger ble amputert, og smertefulle komplikasjoner avsluttet livet. Datteren Karen fortsatte verksteddriften en tid med Jens Rasmussen Sandberg som svenn.