Erik Waaler var professor i patologi ved Universitetet i Bergen (UiB) 1948–71 og rektor samme sted i to perioder. Han ble verdenskjent for sin oppdagelse av en spesiell faktor i blodet hos revmatikere, grunnlaget for en test som har fått stor diagnostisk utbredelse.
Waaler vokste opp på Hamar i et hjem med vide interesser, især musikk, og han ble selv en aktiv og habil fiolinist. Etter examen artium i hjembyen 1921 og medisinsk embetseksamen i Oslo 1927 hadde han sykehustjeneste ved Hamar sykehus og avdelinger ved Ullevål sykehus i Oslo, fulgt av 8 måneder som privatpraktiserende lege på Hamar 1929–30. Deretter var han assistentlege ved Hærens bakteriologiske laboratorium i Oslo 1930–33, ved Aker sykehus, medisinsk avdeling 1933–35 og ved Rikshospitalet, medisinsk avdeling B 1935–36. Han ble dr.med. 1935 på avhandlingen Studies on the Dissociation of the Dysentery Bacilli.
For hans videre vitenskapelige karriere ble et 11 måneders stipendopphold 1936–37 ved Department of Pathology, Columbia University i New York avgjørende. 1936–38 var han universitetsstipendiat i bakteriologi og serologi i Oslo. Han arbeidet også ved patologisk-anatomisk avdeling, Ullevål sykehus 1937–38 og var prosektor ved den tilsvarende avdeling på Rikshospitalet 1938–40. 1941 ble han ansatt ved dr.med. F. G. Gades Pathologisk Anatomiske Laboratorium i Bergen og ble boende i Bergen resten av livet. Ved Gades institutt var arbeidsfeltene patologi og rettsmedisin. Waaler bygde opp instituttet gradvis fra en beskjeden størrelse da han begynte der som prosektor til han gikk av 1971.
Waalers berømte oppdagelse fra 1939 sprang ut av hans bakteriologisk/serologiske arbeid og studier av antistoffer. Den faktoren som han fant i revmatikeres blod, og som fikk saueblodlegemer sensibilisert med antistoff til å klumpe seg, var karakteristisk for sykdomsgruppen. Waalers test for revmatoid faktor, også kalt Waaler-Rose's test med tilnavn etter en amerikaner som tok opp metoden under den annen verdenskrig, har siden vært i allmenn medisinsk bruk.
Etter krigen tok planene om universitet og medisinsk utdanning i Bergen form. Waaler var aktivt med i forberedelsene. 1948 ble han professor i patologisk anatomi og rettsmedisin og var i to år det nye medisinske fakultetets første dekanus. 1954–59, dvs. i to perioder, var han rektor ved UiB.
Etter den annen verdenskrig var det på mange hold motstand mot at leger med utenlandsk utdannelse skulle få tillatelse til å arbeide i Norge. Erik Waaler var meget aktiv i arbeidet for å finne frem til egnede etterutdannings- og godkjenningsordninger for medisinere fra utlandet, og foretok 1958 sammen med to kolleger en omfattende reise til utenlandske universiteter for å studere undervisningen der. Waaler var også en drivkraft i byggingen av de prekliniske institutter ved UiB og for å opprette tannlegeutdanning i Bergen. Han var medlem av komiteen som utredet hvor en tredje legeskole i Norge skulle ligge, og stod der hårdnakket på sitt standpunkt: Skolen burde ligge i Tromsø, ikke i Trondheim, som flertallet mente. Waaler fikk gehør for sin dissens og har derved mye av æren for at Universitetet i Tromsø med dets legeutdanning ble etablert 1968.
Waaler arbeidet også med lepraforskning. Han var en av initiativtakerne til og den første leder av The Armauer Hansen Institute i Addis Abeba, Etiopia.
Erik Waaler var medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi fra 1947 og av Selskapet til Vitenskapenes Fremme fra 1952 samt æresmedlem i en rekke medisinske organisasjoner. Han mottok Fridtjof Nansens belønning fra Det Norske Videnskaps-Akademi 1964 og ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden 1959 og til kommandør 1973.